In 1986 kwam Peter Strating wonen op de Hoefkade in Den Haag, vlak bij station Hollands Spoor. Om de hoek van zijn huis was een prostitutiestraat. Hij was bewogen met de mensen die hij tegenkwam op straat. Toen hij er een jaar woonde begon hij gesprekken met mensen op straat en vertelde over zijn geloof in Jezus. Samen met iemand die hem hielp ging hij elke week een uurtje bij de ingang van de prostitutiestraat staan en sprak met mensen die er langs liepen. Na een aantal jaren verlegde het contact zich van de mannen in de straat naar de vrouwen achter de ramen. Die bleken een grote behoefte te hebben aan pastoraal contact: een luisterend oor, een gebed of andere steun. Veel van de vrouwen kwamen uit Latijns Amerika of Afrika en waren onder valse voorwendselen in de prostitutie getrokken. Om deze vrouwen te kunnen helpen is stichting De Haven opgericht. De Haven heeft met een groot aantal vrijwilligsters veel mogen betekenen voor de vrouwen in de prostitutie.

Rond het jaar 2000  veranderde er veel in de prostitutiewereld in Den Haag. Illegale prostitutie werd aangepakt, waardoor veel prostituees uit beeld verdwenen. Stichting De Haven probeerde in die tijd ook contacten te leggen in de buurt, vanuit het eigen pastoraal centrum aan het Groenewegje. Op en om het Oranjeplein werden een aantal contacten met buurtbewoners gelegd. Dit leidde tot een kleine bijbelkring van 4 personen. Deze mensen beschouwden de Haven als hun kerk. Toen dit groepje wat begon te groeien, werden er plannen gemaakt om een kleine kerk in de buurt te stichten.

Het stichten van een kerk paste echter niet in de doelstelling van Stichting De Haven. Daarom is de Nederlands Gereformeerde kerken van Den Haag en Rijswijk gevraagd om dit proces te leiden. In 2002 is een plan opgesteld om op termijn een kerk te schichten. Hans Vel Tromp werd aangesteld als pastoraal werker. Peter Strating kon als predikant van de Nederlands Gereformeerde Kerk in Rijswijk een dag per week besteden aan de opbouw van de beginnende gemeente. Na drie jaar van voorbereidingen werd De Havenkerk op 30 oktober 2005 officieel  als zelfstandige gemeente geïnstitueerd. Sinds februari 2006 is Peter Strating officieel als voorganger verbonden aan de gemeente.

In de afgelopen jaren is De Havenkerk verder gegroeid: meer dan 100 mensen uit de Schilderswijk en daarbuiten ontmoeten elkaar in de kerk, bij de maaltijd, onder het sporten of bij andere activiteiten. Oud en jong, Hagenees en immigrant, iedereen is welkom.